卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。 卵巢巧克力囊肿不同于肿瘤性质的卵巢囊肿，是由于子宫内膜移位到卵巢所引发起的一种疾病，属于子宫内膜异位中非常常见的一种症状。它的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
由于旧血无法排出，随着时间的增长，血越来越多，囊包也越来越大，然后有几率自行破裂，引发腹部剧痛，甚至造成流产和不孕。卵巢巧克力囊肿复发几率高达60%以上，但有趣是的一旦成功妊娠，却会在很大程度上缓解卵巢巧克力囊肿症状。
