学校始建于1932年，初时为私塾形式办学，几经变迁，1995年搬入现址，是目前南澳唯一一所公办小学，并荣获“广东省少先队先进学校”称号。学校占地面积21600平方米，建筑面积9100平方米，运动场地面积2920平方米，藏书量58476册。学校现有配备齐全的教室21间，功能室24个。功能室有多媒体综合电教室、创客实践室、录播室、计算机室、美术室、书法室、音乐室、舞蹈室、管乐室等。校园按功能划分为教学区、运动区、生活区，教室、功能室的教学仪器设备完全能够满足学校开展教育教学活动的需求。除学科课程外，还开设了以管乐、舞蹈、跆拳道、足球、网球、篮球、乒乓球、美术、书法、机器人等为内容的20多门社团活动课任学生选修。
南澳中心小学秉承“浸润海洋文化，先学做人后学艺” 的办学理念。培育学生“博大、包容、自信、进取、创造、奉献”的海洋精神，做一个有大海情怀的人，做一个有社会责任感的人。学校坚持 “习惯决定命运，责任成就未来”的校训，坚持“走南澳特色之路，成大鹏品牌之星，入深圳名校之列”的办学目标，实现“德才兼备、以德为先”的育人目标，以科研为先导，质量为生命，全面实施素质教育，把学生培养成具有艺体特长的“包容、感恩、自强、进取”深圳小公民。学校着力于学生核心素养的培养，努力让每个孩子都能享有更加公平而有质量的教育。
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