深圳市莲南小学创办于1994年9月，目前有两个校区，分别是本部和莲馨校区，本部占地面积9273平方米，分部占地面积8300平方米，全校学生共2571人。
莲南小学本部位于罗湖区莲亭路2号，共39个班级，教学设施完善，功能场室齐全，有电脑室、网络机房、广播室、科学实验室、音乐室、舞蹈室、图书馆、心理咨询室、室内体育馆，室外篮球场3个。
莲南小学莲馨校区是一所高科技预制学校，位于国威路东27号，目前有14个班级。校园环境简洁明亮，设备设施现代化，1千兆光纤入网，具备开展课后服务空间及物质基础。
莲南小学毗邻仙湖植物园，而且学校的一些家长是中国科学院仙湖植物园的科学家，基于这样自然资源和人力资源，我们将学校办学哲学定位为“自然教育”，旨在办一所有自然印记的学校，用“莲”的意象来表达办学理念，即“自然扎根 自在舒展”，致力于培养“品正如莲、智睿若水、体健似山、自然天成”的未来少年。
学校在深度开发校本资源的基础上，确立了“根植自然，芬芳未来”的课程理念，构建起“自然芬芳”课程体系，即“培根课程”、“汲养课程”、“展叶课程”、“芬芳课程”，对应着儿童发展的“基础性、拓展性、综合性、环境性”四大需求，分别指向“必备知识、关键能力、学科素养、综合情感”的培养和获得，把自然教育理念落实在课程开发与实施中。
学校的体育特色较为突出，在罗湖区率先开展“大体育”选修课，使每名学生都能真正掌握一项运动技能，学校的体育训练队，目前已形成梯队，毽球、篮球、跆拳道、网球都是我校体育特色项目，尤其是毽球，在校队斩获各项奖项的同时，还开发出校本教材。
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